Deux saisons bien distinctes sur les hautes terres : Du mois de novembre au mois d’avril, c’est la saison chaude et humide ; du mois de mai au mois d’octobre, c’est la saison fraîche et sèche, l’hiver austral. Les côtes bénéficient d’un climat chaud toute l’année. La saison cyclonique est généralement située entre janvier et mars, le littoral Est et Nord sont les plus vulnérables.

• Les « Hautes Terres » (Hauts Plateaux), localisées le long de l’épine dorsale du pays, dont l’altitude moyenne est de 1200 m, présentent un climat tempéré et une végétation peu arborée.
• Le « Grand Sud », partie méridionale de l’île où les pluies sont rares, royaume de la savane composée d’un fourré épineux aux espèces endémiques tels que les pachypodiums, les euphorbes, les didiéracées… Le plateau intermédiaire de l’Horombe est surmonté par le massif de l’Isalo classé parc national. Sa formation de grés Jurassique, tourmenté par l’érosion qui a creusé de profonds canyons, lui donne un aspect ruiniforme.
• L’Ouest est un vaste bassin désertique couvert d’une savane herbeuse, c’est la région des baobabs. On y trouve les fameuses formations de pics calcaires ou « Tsingy de Bemaraha », réserve naturelle intégrale classée patrimoine mondial par l’UNESCO.
• L’Est, grande ligne verte constituée de falaises couronnées d'une véritable forêt tropicale aux espèces végétales et animales endémiques. Il se caractérise par un climat subéquatorial, chaud et très humide. Au Nord Est, c’est la côte de la vanille… véritable poumon économique de la grande île.
• Le Nord, formé par un bassin sédimentaire possède un relief côtier très déchiré où sont nichées de magnifiques petites criques sauvages et des lagons de toute beauté. Des activités volcaniques ont créé des sommets comme « Tsaratanana » (s'élevant 2876 m) et la montagne d’Ambre (à 1500 m) qui bénéficie d’un climat tropical de montagne caractérisé par de fortes précipitations.